Segundo hijo de Giovanni Francesco Milanta, que había asumido el papel de maestro di cappella y organista en la catedral de la fortaleza veneciana de Asola.  Después de haber emprendido sus estudios musicales bajo la guía paterna, Milanta fue nombrado organista de la Compañía del S. Rosario en Finale Emilia. Tras una propuesta de Nicolò Acciaiuoli, cardenal legado de Ferrara, el 6 de Octubre de 1683 el Consejo de la Comunidad de Cento lo eligió maestro di cappella de la colegiata de San Biagio (la asunción simultánea de su hermano Pietro Sallustio como organista no tuvo lugar por licencia negada, puesto que desde 1678 ya prestaba servicio en Sassuolo en la colegiata de San Giorgio); el 20 de Octubre siguiente fue suscrita una capitulación por la cual a Milanta se le asignaba un salario de 60 escudos anuales y se reformulaba en términos muy claros el reglamento de la capilla musical. Dado que casi todos los músicos de San Biagio, vecinos de la Academia de la Aurora, habían seguido en la capilla de la iglesia de San Felipe al maestro destituido, don Tiberio Berti, la rival Academia del Sole se comprometió a garantizar la suficiente dotación de personal a disposición de Milanta en las numerosas funciones para las que era solicitado en la ciudad.

También miembro de la Accademia degli Unisoni de Perugia y, desde 1684, de la mencionada Accademia del Sole, el 18 de noviembre de 1688 Milanta se unió a la Academia Filarmónica de Bolonia en la categoría de los cantantes; el 9 de marzo de 1690 pasó a la categoría superior de los compositores, después de presentar una entonación de la invocación "Dignare me laudare te" como prueba de examen. Desde el primer año de transición al orden de los compositores, los príncipes de la Academia Filarmónica de Bolonia solicitaron a Milanta componer música para la fiesta anual en la basílica de San Giovanni in Monte. El 4 de julio de 1690 presentó un "Introitus" y año a año, hasta 1712, siguió presentan do diferentes obras para dicha ceremonia. A pesar de la solicitud prestada al preparar música para las celebraciones de esa institución, a Milanta nunca le fue conferido ni el principado académico ni ningún otro papel directivo, y así quedó incluso fuera del círculo filarmónico y boloñés.

La causa de esto se puede identificar con la modestia de la persona y el apego a la ciudad de adopción. Milanta fue sí, de hecho, uno de los académicos más respetados entre los filarmónicos de Bolonia, igualmente amado y venerado por su bondad y virtud como los primeros cardenales del Sagrado Coleggio; generosamente rechazó cualquier oferta más ventajosa en oros lugares con tal de vivir y morir en Bolonia. La carrera de músico de hecho se entrelazó con el estado clerical: no habiendo nunca tenido esposa y siendo hombre de costumbres íntegras, Milanta quizo iniciarse en la vida eclesiástica y, hecho sacerdote el 7 de septiembre de 1691, fue un vivo ejemplo de vida inocente para los religiosos y seculares. Como profesor, nunca quiso enseñar a mujeres, salvo con el objetivo de convertirse en monjas, a las cuales para este fin prestó cualquier ayuda, incluso de su propio dinero, habiendo colocado una en Santa Catterina di Faenza para Maestra de Música, y otra para organista en Santa Catterina di Cento.  Milanta murió en Cento y con funeral 'decoroso, y espléndido'  fue sepultado en San Biagio ante la portezuela por donde asciende la escalera del Órgano, como había ordenado antes de morir.

Milanta dejó todas sus composiciones, especialmente de la Iglesia donde más fue su genio, a Bernardino Redolfini, su organista: sin embargo, de estas fuentes se ha perdido la pista. En cambio se han conservado 17 arias del drama musical "L'Arianna in Bisanzo" (libreto de G. Visdomini; Cento, teatro Solista, carnaval de 1688). Sobrevive en su totalidad el oratorio "Loth" (libreto extraviado): Francesco II d'Este, duque de Módena, lo recibió como regalo de bienvenida en el verano de 1688, durante sus vacaciones en Sassuolo y con la probable mediación de Pietro Sallustio Milanta. Quedan solamente los libretos de otros oratorios: "Santa Cecilia all’organo" (libreto de N. Montemellini; Perugia, Congregazione dell’Oratorio, 1701, y Bolonia Palacio Ranuzzi, 26 de febrero de 1704), "La morte di San Gaetano" (libreto de F. R. Savelli; Cento, Iglesia de San Pedro, 1702) y "Tomaso Moro" (libreto de G. Milanta Piantini, Bolonia, Palacio Ranuzzi, 3 de marzo de 1704). Hay informes de un prólogo recitado en el palacio ducal de Sassuolo (1 de septiembre de 1696; la corte de los Este asignó a Milanta una compensación de 40 liras de Módena).

La habilidad de Milanta como contrapuntista está testimoniada por una rica producción de cánones. Una colección de Giovanni Battista Martini reúne varias decenas de ellos, manuscritos y a menudo ilustrados y calígrafos, o impreso en elegantes hojas sueltas: en esas piezas se celebran de vez en cuando ingresos en órdenes monásticas, promociones eclesiásticas, rango de testas coronadas, cardenales y otros dignatarios, así como la fiesta de Santa Cecilia solemnizada cada año por los músicos de San Biagio; una ulterior antología incluye, entre los otros, un "Canone infinito", que se puede cantar a dos, tres y cuatro voces a la vez, y al contrario en 30 formas con diferente armonía (1700). En la Biblioteca Estense universitaria de Módena, junto a un "Trattenimento da camera a due per violino solo e basso continuo" y una segunda pieza de apéndice, se encuentra un fino códice ya ofrecido como regalo al duque Francesco II; allí están reunidas 45 composiciones de Milanta, diferentes por género y génesis: 6 cantatas para voz sola, 4 arietas, 2 barzellette (chistes), un soneto en elogio de Santa Cecilia y 32 cánones para dos, tres, cuatro y seis voces.